5100 có sẵn với APL, BASIC hoặc cả hai ngôn ngữ lập trình. [4] Tại thời điểm giới thiệu, APL thường chỉ có sẵn trên các máy tính lớn và hầu hết các máy tính có kích thước máy tính để bàn như Wang 2200 hoặc HP 9830 chỉ cung cấp BASIC.

Các máy hỗ trợ cả hai ngôn ngữ đã cung cấp công tắc bật tắt trên bảng mặt trước để chọn ngôn ngữ. Khi các kỹ sư của IBM hỏi một người thử nghiệm beta, Donald Polonis, để phân tích, ông đã nhận xét rằng nếu mọi người phải học APL để sử dụng nó, IBM 5100 sẽ không biến nó thành một máy tính cá nhân. Ông đã cố gắng để gây ấn tượng rằng một máy tính cá nhân phải dễ sử dụng để được chấp nhận. Có lẽ, bộ ký tự APL đặc biệt và bàn phím APL là những trở ngại chính cho những người mới học APL một cách dễ dàng. APL có các tính năng mạnh mẽ để thao tác dữ liệu dưới dạng vectơ và ma trận, trong khi HP 9830 cạnh tranh phải cung cấp các phần mở rộng ngôn ngữ trên ROM bổ trợ cho các phép tính ma trận.

Mặc dù không dành cho người dùng thông thường, hướng dẫn bảo trì đã mô tả trình tự bàn phím để chuyển 5100 sang chế độ bảo trì. Trong chế độ này, có thể đọc và ghi trực tiếp vào bộ nhớ RAM, bộ nhớ video, thanh ghi CPU, vectơ ngắt, bộ đếm xung nhịp, v.v., sử dụng mã thập lục phân tương đương với ngôn ngữ tổ hợp. Điều này cho phép viết các chương trình tinh vi trực tiếp vào RAM. Vì chế độ này là một hệ thống người dùng đơn chạy hiệu quả mà không cần hệ điều hành, người dùng xác định có thể quản lý không gian bộ nhớ và viết các chương trình đa tác vụ ổn định bằng cách sử dụng các ngắt.